Die wichtigsten Funktionen von Steinen und Wurzeln sind aus der Sicht der Fische, dass sie Verstecke, Strukturen und Laichplätze bieten. Alle drei Funktionen sind unverzichtbar und erfordern etwas gestalterische Mühe.

Grundsätzlich sind fast alle Steine ebenso auch Äste und Wurzeln aus der freien Natur für das Aquarium geeignet. Es gibt wenig zu beachten.

Wurzeln, Äste und Steine aus dem Aquuarium-Zubehörhandel sind eigentlich alle undenklich zu nutzen.
Wurzeln unterscheiden sich im Wesentlichen durch den Preis und die Frage ob sie aufschwimmen, also befestigt oder beschwert werden müssen, oder nicht. Alles andere ist eine Frage des persönlichen Geschmacks. 

Steine, Wurzeln und Äste müssen aber nicht unbedingt gekauft werden. Steine, Wurzeln und Äste, egal ob aus eigenen Garten oder dem Wald, sind ebensogut zu verwenden. Es spricht nichts gegen heimische Baumarten, auch nicht gegen Nadelbäume. Allerdings sollte man auf ein paar Dinge achten. 

Wenn das Holz aus einem See, einem Teich, einem Weiher stammt ist, ist das eigentlich optimal. Es ist bereits längere Zeit unter Wasser, es wird meist nicht mehr aufschwimmen, es wird vermutlich auch nicht faulen. Angst vor Krankheitserregern ist zwar weit verbreitet bei Holz aus der Natur, aber eher unberechtigt. Interessanter ist das Risiko Larven von Wasserinsekten mit in Becken zu holen, das kann lästig sein. Wer hat schon gerne eine unter Naturschutz stehende Libellenlarve im Becken, die sich von Fischen ernährt. Gründlich abspülen und abbürsten ist sinnvoll und erspart Überraschungen. Abkochen etc. ist unnötig.

Holz, das in der Natur oder im Garten offen herumliegt eignet sich ebenfalls, aber es wird in der Regel aufschwimmen. Wenn es frisch ist kommt es gerne zu einem Bakterienbelag, der aber harmlos ist und sich leicht absaugen lässt. Nach einer Weile verschwindet er dann irgendwann von selbst. Diese Bakterien sind ein rein optisches Problem, sie schaden nicht, aber aus optischen Gründen würde ich sie absaugen.

Holz neigt dazu, auch wenn es längere Zeit gewässert wurde, auf zu schwimmen. Es ist also nötig es so zu befestigen, damit es unter Wasser bleibt. Hierzu kann man es beschweren, was eher unhandlich ist, oder es festschrauben. Dabei sind zwei Wege einfach zu realisieren: Zum Einen kann man unten mit einer gewöhnlichen Schraube, eine Plexiglas-Platte festschrauben, die dann  mit Bodensubstrat bedeckt wird. Zum Anderen kann man den Ast auch mit Schraube und Dübel an einem Stein befestigen.

Nachden man Wurzeln und Steine ausgewählt hat bleibt die Frage wie man sie richtig im Aquarium platziert. Wieder gilt, es muss sinnvoll für die Fische und "schön" für den Betrachter sein. Das "schön für den Betrachter" ist Geschmackssache und jedem selber überlassen, aber den Bedarf der Fische kann man beschreiben:

Grundsätzlich sollte man waagerechte und senkrechte Strukturen schaffen. Es sollten Höhlen und verborgene Stellen entstehen, die man auch von vorne, von außerhalb des Beckens nicht einsehen kann. Die Stukturen durch Wurzeln und Steine dienen den Fischen nicht nur als Versteck, sondern werden auch als Laichpaätz genutzt.
Es kommt hierbei natürlich auf die Fische im Aquarium an. Es gibt verschiedene Bedürfnisse: Fische die an senkrechten Strukturen wie senkrechten Ästen oder Blättern und Wurzeln ablaichen, solche die dafür Höhlen bevorzugen und solche, die auf flachem Untergrund ablaichen. Der flache Untergrund können flache Sand- oder Kiesgruben sein oder auch flache Steine. Andere kleben ihre Eier an die Unterseite von Blättern, oder lassen sie einfach in die Pflanzen fallen.

Es gibt keinen Grund sich auf natürliche Dinge zu beschränken. Auch Ziegel oder Granitsteine oder Basalt, Bruchsteinplatten z.B. aus Schiefer sind sehr gut geeignete Steine. Nicht gut geeignet sind Kalksteine wie z.B. Marmor, da sich hier aus den Steinen Kalk lösen kann, wodurch sich die Wasserchemie, besonders die Wasserhärte verändern kann. 

Ob die Platte, der Stein kalkhaltig sind ist leicht zu prüfen: Man tropft etwas Entkalker, ja den für die Kaffemaschine, darauf. Wenn es schäumt, dann ist die Platte kalkhaltig und sollte nicht verwendet werden.